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MICROBIOLOGÍA MOLECULAR

 

MICROORGANISMO TÉCNICA OBJETIVO DIAGNÓSTICO MUESTRA TUBO REQUISITOS DATOS CLÍNICOS

Bacterias
Gen 16S ARNr PCR + secuenciación Identificación de bacterias en muestras de origen estéril con cultivo negativo Válvula cardiaca, LCR, prótesis biopsia y otras Envase estéril Cultivo previo negativo Cuadro clínico, antecedentes, tratamiento.
Bordetella pertussis y Bordetella parapertussis PCR multiplex a TR Tosferina Aspirado nasofaríngeo Tubo poliestireno tapón verde Fuerte sospecha clínica Cuadro clíniico, antecedentes, tratamiento
Exudado nasal + exudado faríngeo Escobillones con medio de transporte líquido universal
Borrelia burgdorferi PCR a TR E. de Lyme en fase inicial (eritema migrans) o tardía (artritis, afectación neurológica o cardiaca). Complementario a serología. Biopsia cutánea Envase estéril Fase aguda (primeras 2-4 semanas) Cuadro clínico, antecedentes, tratamiento.
E. de Lyme en fase tardía (artritis, afectación neurológica o cardiaca). LCR, articular, percárdico Tubo poliestireno tapón verde Leucocitosis, proteínas elevadas. Serología positiva
Complementario a serología. Plasma Gelosa tapón nácar Serología positiva de interpretación dudosa
Chlamydia trachomatis/Neisseria gonorhoeae PCR a TR Sospecha de ITS Exudado genital, anorrectal y/o faríngeo Escobillones con medio de transporte líquido universal o escobillones para cultivo Cuadro clínico, antecedentes de interés  
Chlamydia trachomatis LGV PCR a TR Linfogranuloma venéreo Exudado genital y anorrectal Escobillones con medio de transporte líquido universal PCR positiva a C trachomatis Cuadro clíniico, antecedentes, tratamiento
Clostridium difficle PCR multiplex a TR (tox B, toxina binaria, ribotipo 027) Diagnóstico de infección por C difficile Heces Contenedor esteril Muestra diarréica Cuadro clíniico, antecedentes, tratamiento
Mycobacterium tuberculosis complex / Micobacteria no tuberculosa PCR a TR En muestras BK+ y/o alta sospecha clínica de infección por MNT Muestras respiratorias, tejidos/biopsias Contenedor esteril Clinica y estudios complementarios sospechosos Cuadro clíniico, antecedentes, tratamiento
Mycobacterium tuberculosis complex; resistencia a rifampicina PCR a TR TBC en muestras de origen estéril. En BK+, identificación de MTBc. Si positivo, Identificación de genes de resistencia a rifampicina. LCR, pleural, biopsia y muestras respiratorias/orina BK+ Contenedor estéril Clinica y estudios complementarios sospechosos Cuadro clíniico, antecedentes, tratamiento
M. tuberculosis complex MDR/XDR PCR multiplex a TR Detección en MTBc de genes de resistencia a isoniazida, rifampicina, fluoroquinolonas, kanamicina y capreomicina Muestras BK+ o cepas aisladas con sospecha de multirresistencia Contenedor estéril BK+ con sospecha epidemiológica de multirresistencia Cuadro clíniico, antecedentes epidemiológicos, tratamiento
Tropheryma whipplei PCR a TR Enfermedad de Whipple Biopsia duodenal, LCR Contenedor estéril Clinica y estudios complementarios sospechosos Cuadro clíniico, antecedentes, tratamiento

Hongos
Pneumocystis jiroveci PCR a TR Infección respiratoria en inmunodeprimidos BAL, esputo inducido en inmunodeprimidos Contenedor estéril y medio de transporte líquido universal Clinica y estudios complementarios sospechosos Cuadro clínico, tratamiento

Parásitos
Leishmania donovani complex PCR a TR Leishmaniasis biopsia piel, médula ósea, sangre Contenedor estéril y medio de transporte líquido universal    
Plasmodium spp. PCR a TR Malaria sangre y suero EDTA, Gelosa tapón rojo    
Trypanosoma cruzi PCR a TR Enfermedad de Chagas Sangre EDTA    
Toxoplasma gondii PCR a TR Toxoplasmosis cerebral, ocular, en la embarazada o congénita Plasma Gelosa tapón nácar Presencia de anticuerpos, estudios complementarios compatibles Cuadro clíniico, antecedentes, tratamiento
L. amniótico, ocular, biopsia Contenedor estéril

Virus
Adenovirus CV PCR a TR Infecciones en TMO, principalmente niños Plasma Gelosa tapón nácar   Diagnóstico justificativo
Virus BK CV PCR a TR Diagnóstico y control de la nefropatía asociada a VBK en trasplantados renales Plasma Gelosa tapón nácar    
Citomegalovirus CV PCR a TR Detección y cuantificación de viremia, control de evolución y respuesta al tratamiento Plasma Gelosa tapón nácar   Cuadro clínico, motivo de la solicitud
Estudio de infección en embarazo e infección congénita Líquido amniótico, orina, plasma Gelosa tapón nácar, contenedor estéril. Tubo poliestireno tapón verde   Cuadro clínico, motivo de la solicitud
Virus Epstein-Barr CV PCR a TR Enfermedad linfoproliferativa post-trasplante (prevención y control del tto) y linfoma relacionado con SIDA Plasma Gelosa tapón nácar   Diagnóstico justificativo
Enterovirus PCR a TR Meningitis linfocitarias, encefalitis LCR Tubo poliestireno tapón verde Estudios complementarios compatibles Cuadro clínico
Erythrovirus B19 PCR a TR Infecciones por B19 en embarazadas e ID fundamentalmente Plasma Gelosa tapón nácar   Cuadro clínico, motivo de la solicitud
L. amniótico Tubo poliestireno tapón verde
Virus herpes simple 1 y 2, virus varicela-zoster PCR multiplex a TR Infecciones asociadas Exudado de las lesiones Escobillones con medio de transporte para virus   Cuadro clínico, motivo de la solicitud
LCR Tubo poliestireno tapón verde
VHB CV PCR a TR Distinguir infección activa de inactiva, HBO, control de la HBC, control de tratamiento y diagnóstico precoz. Plasma Gelosa tapón nácar HBsAG positivo o antecedentes de hepatitis B en inmunodeprimidos Fase del tratamiento, causa de la inmunodepresión, control de hepatitis B crónica.
VHB genotipado Secuenciación masiva Identificación de mutaciones que afectan a la evolución, a la respuesta al tto o la vacuna Plasma o suero Gelosa tapón nácar Impreso de solicitud, CV >1000 y 3 ml de plasma  
VHB estudio de resistencias Secuenciación masiva Identificación de mutaciones asociadas a resistencias Plasma o suero Gelosa tapón nácar Fracaso de tratamiento, CV>1000 y 3 ml de plasma Tratamiento previo
VHC CV PCR a TR Infección aguda (periodo ventana), confirmación de inf. crónica y control de tratamiento Plasma Gelosa tapón nácar Entrega inmediata (la muestra debe ser centrifugada antes de 4 h) Finalidad de la prueba y/o semana del tratamiento
VHC genotipado PCR a TR Elección del tratamiento Plasma Gelosa tapón nácar CV>500 UI/ml  
VHC genotipado por secuenciación Secuenciación masiva Identificar genotipos cuando la PCR-TR no lo hace Plasma o suero Gelosa tapón nácar    
VHC estudio de resistencias Secuenciación masiva Identificación de mutaciones asociadas a resistencia Plasma Gelosa tapón nácar Fracaso de tratamiento  
Virus de la hepatitis E (CV) PCR a TR Infección aguda y crónica por VHE Plasma Gelosa tapón nácar Estudios complementarios compatibles Cuadro clínico
VIH carga viral (CV) PCR a TR Estadiaje de la infección, control del TAR y diagnóstico de inf. Congénita y aguda Plasma Gelosa tapón nácar Entrega inmediata (la muestra debe ser centrifugada antes de 4 h)  
VIH estudio de resistencias Secuenciación masiva Identificación de mutaciones asociadas a resistencia a los ARV Plasma Gelosa tapón nácar Impreso de solicitud, CV >1000 y 3 ml de plasma  
VIH Subtipo Secuenciación masiva Epidemiología y previsión de respuesta al TAR Plasma Gelosa tapón nácar CV>1000 y 3 ml de plasma  
VIH tropismo Secuenciación masiva Intención de uso de antagonistas del receptor CCR5 Plasma Gelosa tapón nácar CV>1000 y 3 ml de plasma  
Virus JC PCR a TR LMP LCR Tubo poliestireno tapón verde Estudios complementarios compatibles Cuadro clínico
Virus Dengue PCR a TR Dengue Plasma Gelosa tapón nácar Estudios complementarios compatibles Cuadro clínico y antecedentes epidemiológicos
Virus Zika PCR a TR Infección por virus Zika Plasma, suero, orina EDTA, gelosa tapón rojo, contenedor estéril Estudios complementarios compatibles Cuadro clínico y antecedentes epidemiológicos
Virus Toscana PCR a TR Meningitis por virus Toscana LCR Tubo poliestireno tapón verde Estudios complementarios compatibles. Descartado otros posibles patógenos Cuadro clínico
Virus del papiloma humano (VPH) PCR multiplex a TR (cribado + genotipado específico de19 genotipos de alto riesgo y 9 de bajo riesgo) Diagnóstico precoz del cáncer de cérvix y de otras lesiones asociadas al VPH; despistaje. Control de la infección. Exudados genitales, perirrectales, frotis de verrugas, exudado faríngeo, orina Escobillones con medio de transporte para virus   Descripción de la lesión o motivo de la solicitud.
Virus Respiratorio Sincitial, Influenza A, Influenza B, Coronavirus SARS-CoV-2 PCR multiplex a TR Infección respiratoria Aspirado/exudado nasofaríngeo, esputo, BAL Escobillones con medio de transporte para virus    
Virus del Nilo Occidental PCR a TR Encefalitis por Virus del Nilo Occidental Suero, LCR Gelosa tapón nácar, Tubo poliestireno tapón verde    
Coronavirus SARS-CoV-2 PCR a TR Infección respiratoria Aspirado/exudado nasofaríngeo, esputo, BAL Escobillones con medio de transporte para virus    
Parotiditis, Parechovirus, Enterovirus PCR multiplex a TR Infecciones asociadas Enterovirus: aspirados vías altas, LCR / Parechovirus: aspirado vías altas / Parotiditis: LCR, saliva, orina Escobillones con medio de transporte para virus,Tubo poliestireno tapón verde o contenedor estéril    

Paneles Síndrómicos
Herpesvirus humanos VHS 1 y 2, VVZ, CMV, VEB, VHH 6 PCR multiplex a TR Meningitis herpética, encefalitis, inmunosupresión LCR Tubo poliestireno tapón verde Clínica y estudios complementarios compatibles Cuadro clínico, antecedentes de interés
Inmunosupresión Plasma o suero EDTA, gelosa tapón rojo
Panel meningoencefalitis E coli K1, H influenzae, L monocytogenes, N meningiditis, S agalactiae, S penumoniae, C neoformans/gattii, CMV, enterovirus, VHS-1, VHS-2, VHH-6, Parechovirus, varicela/zoster PCR multiplex a TR Meningoencefalitis LCR Tubo poliestireno tapón verde Clínica y estudios complementarios compatibles Cuadro clínico, antecedentes de interés
Panel Infección Articular: Anaerococcus prevotii/vaginalis Clostridium perfringens Cutibacterium avidum/granulosum Enterococcus faecalis Enterococcus faecium Finegoldia magna Parvimonas micra Peptoniphilus Peptostreptococcus anaerobius Staphylococcus aureus Staphylococcus lugdunensis Streptococcus spp. Streptococcus agalactiae Streptococcus pneumoniae Streptococcus pyogenes Bacteroides fragilis Citrobacter Enterobacter cloacae complex Escherichia coli Haemophilus influenzae Kingella kingae Klebsiella aerogenes Klebsiella pneumoniae group Morganella morganii Neisseria gonorrhoeae Proteus spp. Pseudomonas aeruginosa Salmonella spp. Serratia marcescens Candida spp. Candida albicans PCR multiplex a TR Artritis septica Líquido sinovial Tubo poliestireno tapón verde Clínica y estudios complementarios compatibles Cuadro clínico, antecedentes de interés
Panel Respiratorio Superior Adenovirus, Sars-Cov-2, Coronavirus, Metapneumovirus, Rhinovirus/Enterovirus, Influenza A-B, Parainfluenza 1-4, VRS, B pertussis. B parapertussis, C pneumoniae, M pneumoniae PCR multiplex a TR Infección respiratoria Aspirado/exudado nasofaríngeo Escobillones con medio de transporte para virus Clínica y estudios complementarios compatibles Cuadro clínico, antecedentes de interés
Panel Respiratorio Inferior: Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Complejo Acinetobacter calcoaceticus-baumanii, Serratia marcescens, Proteus spp., Grupo Klebsiella pneumoniae, Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis, Pseudomonas aeruginosa, S. aureus, Streptococcus pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, virus de la influenza A, virus de la influenza B, virus respiratorio sincitial, rinovirus/enterovirus, metapneumovirus, virus parainfluenza 1, virus parainfluenza 2, virus parainfluenza 3, virus parainfluenza 4, coronavirus, adenovirus, MERS-coronavirus, PCR multiplex a TR Infección respiratoria BAL, BAS y esputo Contenedor estéril Clínica y estudios complementarios compatibles Cuadro clínico, antecedentes de interés
Panel gastrointestinal Campylobacter, C difficile, P shigelloides, Salmonella spp, Y enterocolitica, Vibrio, E coli, Adenovirus, Astrovirus, Norovirus, Rotavirus, Sapovirus, Cryptosporidium, C cayetanensis, E histolytica, G lamblia PCR multiplex a TR Diarrea Heces Contenedor estéril Clínica y estudios complementarios compatibles Cuadro clínico, antecedentes de interés
Úlcera genital VHS-1, VHS-2, varicela/zóster, CMV, LGV, C trachomatis LGV, T pallidum, H ducreyi PCR multiplex a TR Diagnóstico de úlcera genital Exudado de úlcera genital u otra localización Escobillones con medio de transporte líquido universal Clínica y estudios complementarios compatibles Cuadro clínico, antecedentes de interés
Uretritis Chlamydia trachomatis-Neisseria gonorrhoeae (CT-NG), Mycoplasma genitalium y Trichomonas vaginalis PCR multiplex a TR Uretritis y otras I.T.S. Exudados genitales, perirrectales y faríngeos Escobillones con medio de transporte líquido universal Muestra tomada por especialista Cuadro clínico, motivo de la solicitud
Orina (menor sensibilidad en mujeres) Contenedor de orina 1ª orina de la mañana
Uretritis y otras ITS C. trachomatis, N. gonorrhoeae, Mycoplasma hominis, Mycoplasma genitalium, Ureaplasma hominis, Ureaplasma parvum y Trichomonas vaginalis PCR multiplex a TR UNG y otras ITS, prostatitis, EPI, complicaciones del embarazo asociadas (aborto, parto prematuro, rotura prematura de membrana), infecciones del recién nacido. Exudados genitales Escobillones con medio de transporte líquido universal Muestra tomada por especialista Cuadro clínico, motivo de la solicitud
Orina (menor sensibilidad en mujeres) Contenedor de orina 1ª orina de la mañana
L. amniótico y otras Tubo poliestireno tapón verde o contenedor de orina  
Vaginosis/Vaginitis Marcadores de vaginosis bacteriana (marcadores individuales no notificados), Lactobacillus spp. (L. crispatus y L. jensenii), Gardnerella vaginalis, Atopobium vaginae, Bacterias de tipo 2 asociadas a vaginosis bacteriana (BVAB-2), Megasphaera tipo 1, Candida spp. (C. albicans, C. tropicalis, C. parapsilosis, C. dubliniensis, Candida glabrata, Candida krusei), Trichomonas vaginalis PCR multiplex a TR Diagnóstico de vaginitis y vaginosis Exudado vaginal Escobillones con medio de transporte líquido universal