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DIAGNÓSTICO MICROBIOLÓGICO

TIPOS DE INFECCIÓN MUESTRA
Bacteriemia

Sangre (más muestra del posible foco)

Infecciones cardiovasculares y asociadas a dispositivos intravasculares  
Sistema nervioso central  
Meningitis-encefalitis

LCR, hemocultivo

Absceso cerebral

Aspirado del absceso

Tracto respiratorio  
Faringoamigdalitis

Exudado faríngeo

Estudio de portador de S.aureus

Nasal

Estudio de portador de gonococo

Exudado faríngeo

Sinusitis

Aspirado sinusal

Otitis media

Tímpanocentesis

Otitis externa

Exudado oído externo

Neumonía

Hemocultivo, esputo, BAS, BAL, CTO, punción transtorácica

Empiema y abscesos pulmonares

Líquido pleural, aspirado absceso

Tosferina

Lavado nasofaríngeo / exudado nasofaríngeo

Infecciones oculares  
Conjuntivitis

Exudado conjuntival / raspado

Queratitis

Raspado corneal

Queratitis por lentillas

Raspado corneal, lentilla y líquido de lentillas

Endoftalmitis

Líquido intraocular

Infecciones gastrointestinales  
Diarrea

Heces/biopsia intestinal/aspirado duodenal

Infecciones intraabdominales  
Peritonitis

Líquido peritoneal

Abscesos intraperitoneales o viscerales

Aspirado absceso

Colecistitis

Aspirado biliar, hemocultivo

Infección del tracto urinario  
Infección de orina

Orina por micción limpia o sondaje
Orina punción suprapúbica

Tracto genital  
Cervicitis

Exudado endocervical

Detección de Streptococcus agalactiae

Exudado vágino-rectal, vaginal o rectal

Nódulos genitales

Aspirado nódulo

Prostatitis

Secreción prostática
Semen y orina en paralelo

Úlceras genitales

Frotis úlcera

Uretritis

Exudado uretral

Verrugas genitales

Frotis verruga, biopsia

Virus del papiloma humano (VPH)

Exudado endocervical o vulvar

Vulvovaginitis

Exudado vaginal

Piel y tejidos blandos  
Impétigo, foliculitis, erisipela, celulitis, úlceras, gangrena, abscesos cutáneos, heridas y quemaduras

Aspirados tomados con jeringa y biopsia de tejido.

Huesos y articulaciones  
Artritis

Líquido sinovial

Osteomielitis

Biopsia ósea o exudado

Prótesis

Exudado

Normas generales: Las torundas con medio de transporte sólido han sido sustituidas por torundas con medio de transporte líquido, lo que permite tanto la siembra convencional como como las determinaciones moleculares.

Todas las muestras que se recojan en estas torundas pueden mantenerse a temperatura ambiente/4ºC hasta su envío al laboratorio de microbiología.

Las biopsias nunca deben enviarse en formol.
MUESTRA DETERMINACIÓN ENVASE COMENTARIOS
Abscesos Bacterias (cultivo)

Jeringa ocluida (sin aguja), frascos de hemocultivo, tioglicolato, envase estéril.

Menos recomendado: torunda en medio líquido de Stuart o Amies

Transporte inmediato al laboratorio

Tomar la muestra tras limpieza y desinfección adecuada. Siempre que sea posible, obtener la muestra por aspiración. Las muestras de abscesos pueden inocularse en frasco de hemocultivo, aunque es conveniente en este caso enviar además muestra para su siembra directa en placas. Poco recomendable las recogidas con escobillón.
Aspirado duodenal Giardia spp.(microscopía) Strongyloides spp. Envase estéril de boca ancha, previamente calentado a 37ºC. Trasporte inmediato al laboratorio. Si la muestra se enfría es difícil observar los trofozoítos de Giardia
Aspirado/exudado nasofaríngeo

Bacterias (cultivo/PCR)


 

Virus, Chlamydia spp., Mycoplasma spp. Inmunocromatografía, PCR

 

Panel sindrómico de vias altas (PCR multiplex)

Envase estéril/torunda flexible en medio líquido de Stuart o Amies para estudio bacteriano

 

Envase estéril con medio UTM: para estudio molecular de virus respiratorios. Menos recomendado: medio líquido de Stuart o Amies

 

Envase estéril/ Envase estéril con medio UTM

Aspirado: envase estéril

Exudado nasofaríngeo: torunda flexible en el medio líquido que proceda (bacterias o virus)
Aspirado oído medio (timpanocentesis) Bacterias/hongos (cultivo) Envase estéril, jeringa ocluida (sin aguja) Enviar inmediatamente al laboratorio
Aspirado sinusal Bacterias/hongos (cultivo) Jeringa (enviar sin aguja)
o inocular en un tubo de tioglicolato

Enviar inmediatamente al laboratorio

No válido exudado nasal

Aspirado traqueal

Bacterias, hongos (cultivo)
Micobacterias (tinción, cultivo, PCR)

PCR varias/FilmArray
Envase estéril de boca ancha  
BAS, BAL

Bacterias, hongos (cultivo)
Micobacterias (tinción, cultivo, PCR)
PCR varias//FilmArray

Galactomanano
Envase estéril de boca ancha BAL: enviar de 10-100 ml
Biopsias y tejidos Bacterias/hongos (cultivo)
Virus (PCR)
Micobacterias (tinción, cultivo)
Envase estéril de boca ancha Introducir la biopsia en un contenedor con una pequeña cantidad de suero fisiológico estéril. NO usar formol.
Catéter

Bacterias/hongos (cultivo)
Virus (PCR)
Micobacterias (tinción, cultivo, PCR)
PCR varias

Envase estéril de boca ancha

Segmento distal de no más de 4 cm de longitud.

Enviar en sospecha de infección asociada a catéter, siempre junto con hemocultivo

No solicitar cultivo sistemáticamente cada vez que se retire un catéter

Catéter urinario No aceptable    
Catéter drenaje No recomendable   Enviar líquido drenaje, abscesos, aspirados
CTO (cepillado telescopado ocluído)

Bacterias, hongos (cultivo)
Micobacterias (tinción, cultivo, PCR)

PCR
Envase estéril de boca ancha CTO: añadir 1 ml de suero fisiológico estéril
Esputo espontáneo, esputo inducido

Bacterias, hongos (cultivo)
PCR Pneumocystis jirovecii
FilmArray

Parásitos (Ascaris lumbricoides, uncinarias, huevos de Paragonimus westermani, Echinococcus spp., Strongyloides spp.)
Envase estéril de boca ancha Volumen: 3-5 ml. Es recomendable enviar el primero de la mañana, tras enjuague de la boca con agua.
Micobacterias (tinción, cultivo, PCR) Envase estéril de boca ancha Volumen: 5-10 ml. Enviar muestras de tres días consecutivos (preferible primera de la mañana)
Exudado conjuntival/corneal Bacterias, hongos (cultivo) Torunda en medio líquido de Stuart o Amies, o inocular en tioglicolato  
Exudado endocervical Chlamydia trachomatis/gonococo (PCR) Torunda en medio líquido de Stuart o Amie  
Bacterias (cultivo) Torunda en medio líquido de Stuart o Amies Enviar inmediatamente al laboratorio
VPH (PCR) Torunda con medio de transporte de virus (UTM)  
Exudado faríngeo Bacterias, hongos (cultivo) Torunda en medio líquido de Stuart o Amies  
PCR virus / FilmArray Torunda con medio de transporte de virus (UTM)
Exudado nasal S. aureus (cultivo) Torunda en medio líquido de Stuart o Amies Solicitar para estudio de portadores de Staphylococcus aureus. Tomar muestra de ambas fosas nasales.
Bacterias (cultivo) Torunda en medio líquido de Stuart o Amies Tomar muestra de ambas fosas nasales
Exudado / aspirado nasofaríngeo PCR virus / FilmArray Torunda con medio de transporte de virus (UTM)  
Exudado oído externo Bacterias / hongos (cultivo) Torunda en medio líquido de Stuart o Amies  
Exudado rectal Bacterias (cultivo) Torunda en medio líquido de Stuart o Amies No conservar en nevera si se sospecha ITS

Chlamydia trachomatis/gonococo (PCR)

Virus (PCR)
Torunda en medio líquido de Stuart o Amies. Para virus medio de transporte para virus (UTM)
Exudado uretral Chlamydia trachomatis/gonococo (PCR) Torunda en medio líquido de Stuart o Amies  
Bacterias (cultivo) Torunda en medio líquido de Stuart o Amies No conservar en nevera si se sospecha ITS

Mycoplasma hominis

Ureaplasma urealyticum (cultivo)
Torunda en medio líquido de Stuart o Amies Contactar previamente con el S. de Microbiología
Exudado vaginal Bacterias, hongos (cultivo) Torunda en medio líquido de Stuart o Amies No conservar en nevera si se sospecha ITS
Exudado vagino-rectal Streptococcus agalactiae (cultivo, PCR) Torunda en medio líquido de Stuart o Amies  
Heces Bacterias (cultivo) Envase estéril de boca ancha, medio Cary-Blair  
Toxina de Clostridium difficile (IC/PCR) Envase estéril de boca ancha  

Parásitos (microscopía)

 

Parásitos (inmunocromatografía)

Transporte con S.A.F.
Portaobjetos en envase estéril de boca ancha

Envase estéril de boca ancha
3 de 3 días no consecutivos. Para investigación de oxiuros, tomar la muestra mediante técnica de Graham (al levantarse por la mañana y antes de lavarse adherir papel autoadhesivo transparente (papel de celo) por los márgenes anales y pegar sobre una de las caras de un portaobjetos, ajustándose a su medida)
Rotavirus, adenovirus, norovirus (IC) Envase estéril de boca ancha  
Heridas, úlceras, quemaduras, mordeduras Bacterias, hongos (cultivo) Envase estéril (biopsia), jeringa ocluida (sin aguja), tioglicolato, Torunda con medio de transporte líquido de Stuart o Amies

Tomar la muestra tras limpieza y desinfección adecuada. Siempre que sea posible, obtener la muestra por aspiración. Poco recomendables las recogidas con escobillón, preferible enviar biopsia: introducir la muestra en un contenedor con una pequeña cantidad de suero fisiológico estéril y NO usar formol

Humor vítreo Bacterias, hongos (cultivo) Frasco estéril, jeringa de aspiración

Volumen de muestra muy limitado, priorizar los estudios.

Contactar previamente con el S. de Microbiología
Jugo gástrico Micobacterias (tinción, cultivo/PCR) Envase estéril de boca ancha Envío inmediato, avisar a Microbiología. Siempre que sea posible, no sacar en sábados, domingos ni festivos
Lentes de contacto

Bacterias, hongos (cultivo)

Parásitos: Acanthamoeba (microscopía, cultivo)
Enviar lentes en su estuche y también el frasco de líquido de conservación Envío inmediato, avisar a Microbiología
Lentes terapéuticas Bacterias, hongos (cultivo) Envase estéril de boca ancha / tioglicolato  
Lesiones fúngicas (piel, pelo, uñas) Hongos (cultivo) Envase estéril / placa de Petri  
Líquido amniótico Bacterias, hongos (cultivo) Envase estéril, jeringa ocluida (sin aguja), tioglicolato, frascos de hemocultivo  
Virus (PCR) Envase estéril  
Líquido cefalorraquídeo Bacterias (cultivo, Ag de neumococo por IC) Envase estéril

Enviar inmediatamente al laboratorio.

Si no es posible, la muestra para cultivo debe dejarse a temperatura ambiente.

Para el resto de estudios puede refrigerarse.

Si se extrae más de un tubo, enviar el extraído en segundo lugar a Microbiología.

Indicar siempre por orden de preferencia los estudios a realizar

Hongos (cultivo) Envase estéril
Virus (PCR) Envase estéril
Serología (ELISA) Envase estéril
Parásitos Envase estéril
Micobacterias (tinción, cultivo, PCR) Envase estéril
FilmArray Envase estéril  
Líquidos estériles (articular, ascítico, bilis, pericárdico, peritoneal, pleural) Bacterias (cultivo) Envase estéril/frascos de hemocultivo / jeringa estéril ocluida sin aguja

Enviar inmediatamente al laboratorio.

Si no es posible, la muestra para cultivo debe dejarse a temperatura ambiente.

Para el resto de estudios puede refrigerarse.

Indicar siempre por orden de preferencia los estudios a realizar

Hongos (cultivo) Envase estéril
Virus (PCR) Envase estéril
Parásitos Envase estéril
Micobacterias (tinción, cultivo, PCR) Envase estéril
Médula ósea Bacterias / hongos (cultivo) Envase estéril / frascos de hemocultivo  
Parásitos: Leishmania (microscopía) Tubo EDTA
Micobacterias (tinción, cultivo, PCR)
Nódulos genitales Bacterias (cultivo) Jeringa / Envase estéril Aspirado nódulo
Orina (micción limpia o sondaje) Bacterias, hongos (cultivo) Tubo estéril para orinas con conservante Micción limpia: Preferible primera orina de la mañana. Desechar primera porción de la micción y recoger el resto.
Antígeno de neumococo / Ag de Legionella (IC) Tubo estéril para orinas con conservante
Chlamydia / gonococo (PCR) Tubo estéril para orinas con conservante
Micobacterias (tinción, cultivo) Tubo estéril para orinas con conservante

Enviar 3 muestras de orina de 3 días consecutivos, con volumen mínimo de 20 ml cada muestra.

No enviar muestras de orina de 24 horas

Parásitos Envase estéril de boca ancha Recoger el mayor volumen posible
Orina punción suprapúbica Bacterias (cultivo) Jeringa ocluida Diagnóstico de bacteriuria por anaerobios y de ITU en niños
Prótesis y material protésico (prótesis articulares, válvulas, port-a-cath…) Bacterias (cultivo / PCR 16s)
Hongos (cultivo)
Micobacterias (tinción, cultivo, PCR 16s)
Contenedor estéril apropiado según tamaño Añadir un pequeño volumen de suero fisiológico estéril a las piezas pequeñas para evitar su desecación
Raspado corneal, córnea, casquete corneal

Bacterias / hongos (cultivo)

Acanthamoeba (microscopía, cultivo)

Inoculación directa en medios de cultivo (tioglicolato)

Envase estéril

Contactar previamente con el S. de Microbiología
Sangre Hemocultivo Frascos de hemocultivo

Realizar siempre dos extracciones de sangre (tres en sospecha de endocarditis) de punciones independientes de vena periférica con un intervalo de entre 5 y 60 minutos.

En adultos, cada extracción será de 20 ml (10 ml en frasco aerobio y 10 ml en anaerobio, por este orden).

Para pediatría e infecciones asociadas a catéter, ver Nota 1.

Serología Suero (tubo de gelosa con tapón rojo)  
Virus Plasma (EDTA o K7)  
Carga viral Plasma (EDTA con gelosa “tubo de tapón blanco”)  
Parásitos (tinción, IC) Sangre no coagulada (EDTA)  
Micobacterias Frasco de hemocultivo especial (frasco de hemocultivo con tapón rojo) Frasco especial para micobacteriosis diseminada o fungemia. Contactar con Microbiología.
Secreción prostática Bacterias, hongos Envase estéril de boca ancha  
Semen Bacterias (cultivo) Envase estéril de boca ancha  
Úlceras genitales (frotis) Virus: VPH, herpes (PCR) Torunda con medio de transporte de virus (UTM) Limpiar la lesión con suero salino y presionar la base para recoger fluído
Válvulas, verrugas cardiacas Bacterias (cultivo, PCR 16s)
Hongos (cultivo)
Envase estéril de boca ancha  
Vesículas mucocutáneas

Bacterias (cultivo)

Virus

Aspirado de líquido (jeringa-aspiración)/ Torunda en medio líquido de Stuart o Amies

Torunda con medio de transporte de virus (UTM)
Tras romper la vesícula, frotar el fondo con torunda
Verrugas genitales VPH Torunda con medio de transporte de virus (UTM)  

 

NOTA 1: BACTERIEMIA RELACIONADA CON EL CATÉTER

Bacteriemia relacionada con reservorio:

Extraer una pareja de hemocultivos por punción venosa directa e inmediatamente después, extraer una segunda pareja de hemocultivos del reservorio (si son bicamerales, se debe realizar una extracción de 20 ml de cada cámara).

Bacteriemia relacionada con catéter venoso central:

Extraer una pareja de hemocultivos por punción venosa directa e inmediatamente después, extraer una segunda pareja de hemocultivos de la luz 1 y otra de la luz 2.

IMPORTANTE

- En adultos, el volumen de sangre a inocular en cada frasco es de 10 ml. En niños, el volumen adecuado se indica en la siguiente tabla:

 

Peso

<4 kg

4-9 Kg

10-14 Kg

15-20 Kg

21-40 Kg

>40 Kg

Volumen en cada extracción

1 ml

2 ml

3 ml

4 ml

5 ml

10 ml

Tipo de frasco

Pediátrico

Pediátrico

Pediátrico

Adulto (aerobio)

Adulto (aerobio)

Adulto (aerobio)

 

- Identificar  los frascos de hemocultivos con la pegatina del paciente y rotular la procedencia de la sangre inoculada: venopunción 1ª, venopunción 2ª, luz (indicando cual), reservorio.

- Debe inocularse la misma cantidad de sangre en todos los frascos.

- Enviar lo más rápidamente posible al laboratorio de microbiología, y todos los frascos a la vez.

- En una única petición DIRAYA podemos incluir en el laboratorio hasta 3 parejas de hemocultivos: por tanto NO es necesario hacer una petición para cada pareja.

- Si este protocolo se realiza correctamente, la sensibilidad y la especificidad son elevadas, pero si no se realiza bien puede llevar a conclusiones erróneas, por lo que no debe hacerse si no existen las condiciones óptimas para ello.